Em 11 de maio de 1932, surge a Associação dos Empregados no Comércio. A entidade foi formada por 21 empregados do setor. O primeiro presidente da Diretoria Provisória foi Salvador Sartori, que ocupou o cargo até 31 de maio de 1932. Em 31 de maio do mesmo ano, foi eleita a diretoria definitiva, tendo como presidente Arthur Rech, que presidiu a entidade até 1959.
Em 1959, Ariosto Colombo assume a presidência, ficando pouco tempo, pois preferiu voltar à profissão de vendedor. Assim, deixou em seu lugar Reinaldo Valentini, que ficou no cargo até 22 de novembro de 1960, quando foi substituído por Alvise Francisco.
No dia 1º de agosto de 1963, Luis Sauthier assume a presidência. Em 22 de outubro de 1964, Sauthier é substituído por Walter Finco. Em 26 de julho de 1966, Hildo Boff assume o sindicato no lugar de Finco, permanecendo na presidência até 1983, durante praticamente toda a ditadura militar. Em 1967, a Federação tinha 19 sindicatos filiados. No período da ditadura, as manifestações e as greves são reduzidas a tal ponto que, no início de década de 70, não há registro de greve. A primeira diretoria eleita pela categoria depois da ditadura teve como presidente Odete Maria Rodrigues da Silva, a primeira mulher presidente do Sindicato, que ficou no cargo de 1983 a 1986.
Deoclécio da Silva foi presidente do sindicato de 1987 a 1989, dando início a uma época de mudanças na forma de fazer política sindical. Guiomar Vidor presidiu o sindicato por dois mandatos, de 1990 até 1992. Em 1992, a vice-presidente, Solange Carvalho, assumiu o principal cargo da diretoria para Vidor concorrer à Câmara de Vereadores. Em Novembro de 1992, Guiomar Vidor assumiu o seu segundo mandato, ficando até 1995. Em 1995, Paulo Roberto Pacheco da Silva assumiu a presidência. Uma das prioridades de sua gestão foi a luta pelo fim do trabalho aos domingos.
Em 2001, é eleita Ivanir Fátima Perrone Andreis, que dá continuidade a luta contra o trabalho aos domingos. Em 2004 e em 2007, Ivanir é reeleita. Nesta época, o Sindicato tem a sua sede revitalizada, ganhando um auditório para ser utilizado na formação da categoria comerciária. Hoje, o Sindicato tem como presidente Silvio Luiz Frasson, que foi eleito em 2010 e segue na linha de frente das principais lutas dos trabalhadores e trabalhadoras.
